Il Collegio dei Revisori dei Conti è costituito da tre membri, designati uno ciascuno dalle Giunte Provinciali di Bolzano e di Trento ed uno alternativamente dai Comuni di Bolzano e di Trento. La composizione del Collegio deve conformarsi alla proporzionale linguistica riferita alla popolazione residente nella regione.
Il Collegio dura in carica cinque anni ed i suoi membri possono essere riconfermati. Eleggono nel proprio ambito il Presidente. Durano in carica per la durata del mandato del Consiglio di Amministrazione.
Il Collegio esercita il controllo amministrativo, legale e contabile sull'attività della Fondazione e vigila sull'osservanza delle leggi, dello Statuto e delle regole di buona amministrazione.
I Revisori possono assistere alle sedute del Consiglio di Amministrazione.